Hannes Lohi


Tutkimuksen ja opetuksen kuvaus

Our research is focused on the development of canine models of human complex diseases. We take advantage of an experiment initiated by man ~15,000 years ago, taming of the wolf and, more recently, generating 400 strictly inbred pure dog breeds.  Canine purebreeding has resulted in highly uniform genomes within each breed, in which the “noise” of background genetic variation is reduced making it easier to detect genetic “signals” that contribute to disease.  That alone would not be very helpful without the fact that several of the essential components of most disease phenotypes can be found and measured in dogs. Dog is a large animal and clinically and physiologically close to human than typical laboratory rodent models. Dogs develop biologically analogous, if not homologous, conditions to human genetic disorders. Canine disorders usually respond to human medications and also other clinical and phenomenological studies suggest that these traits may share biological mechanisms across species. We aim to utilize this unique genetic system to identify new genes for morphology, behavior and various disorders.  Towards our aims, we have established one of the largest Dog DNA biobanks in the world with >80 000 samples from 330 different breeds. 
Although we work with many genetic traits in dogs, our research focuses on neurological, neurodegenerative and neurobehavioral conditions such as common epilepsy, ataxia and anxiety.  We have already mapped several new loci and genes in these disorders and believe that the natural canine models provide clinically and physiologically relevant models to corresponding human diseases. Comparison of the identified loci, genes and pathways across species will establish dogs as novel therapeutic models to understand the molecular pathogenesis of these complex traits. Meanwhile, breeders will benefit from the new DNA markers developed to identify the carriers for improved breeding plans. Our research has also led to novel successful commercial diagnostic innovations such as the first advanced gene panel test for dogs, MyDogDNA (www.mydogdna.com), and a NMR-based serum metabolomics test, PetMETA, available from PetBiomics (www.petbiomics.com). These high-resolution tests are transforming the diagnostics in veterinary medicine and breeding programs globally.

More on our research:




Lisätietoja affiliaatiostaDepartment of Medical Genetics, Faculty of Medicine; Department of Veterinary Biosciences, Faculty of Veterinary Medicine

Valikoidut julkaisut

  1. Assembly and Analysis of Unmapped Genome Sequence Reads Reveal Novel Sequence and Variation in Dogs

    Holden, L. A., Arumilli, M., Hytonen, M. K., Hundi, S., Salojärvi, J., Brown, K. H. & Lohi, H., 18 heinäkuuta 2018, julkaisussa : Scientific Reports. 8, 11 Sivumäärä, 10862.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  2. Skin microbiota and allergic symptoms associate with exposure to environmental microbes

    Lehtimaki, J., Sinkko, H., Hielm-Bjorkman, A., Salmela, E., Tiira, K., Laatikainen, T., Mäkelainen, S., Kaukonen, M., Uusitalo, L., Hanski, I., Lohi, H. & Ruokolainen, L., 8 toukokuuta 2018, julkaisussa : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115, 19, s. 4897-4902 6 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  3. Myotonia congenita in a Labrador Retriever with truncated CLCN1

    Quitt, P. R., Hytönen, M. K., Matiasek, K., Rosati, M., Fischer, A. & Lohi, H., heinäkuuta 2018, julkaisussa : Neuromuscular Disorders. 28, 7, s. 597-605 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  4. Maternal Inheritance of a Recessive RBP4 Defect in Canine Congenital Eye Disease

    Kaukonen, M., Woods, S., Ahonen, S., Lemberg, S., Hellman, M., Hytönen, M. K., Permi, P., Glaser, T. & Lohi, H., 29 toukokuuta 2018, julkaisussa : Cell Reports. 23, 9, s. 2643-2652 10 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  5. Frequency and distribution of 152 genetic disease variants in over 100,000 mixed breed and purebred dogs

    Donner, J., Anderson, H., Davison, S., Hughes, A. M., Bouirmane, J., Lindqvist, J., Lytle, K. M., Ganesan, B., Ottka, C., Ruotanen, P., Kaukonen, M., Forman, O. P., Fretwell, N., Cole, C. A. & Lohi, H., huhtikuuta 2018, julkaisussa : PLoS Genetics. 14, 4, 20 Sivumäärä, 1007361.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  6. Fearful dogs have increased plasma glutamine and gamma-glutamyl glutamine

    Puurunen, J., Tiira, K., Vapalahti, K., Lehtonen, M., Hanhineva, K. & Lohi, H., 29 lokakuuta 2018, julkaisussa : Scientific Reports. 8, 12 Sivumäärä, 15976.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  7. MKLN1 splicing defect in dogs with lethal acrodermatitis

    Bauer, A., Jagannathan, V., Hoegler, S., Richter, B., McEwan, N. A., Thomas, A., Cadieu, E., Andre, C., Hytonen, M. K., Lohi, H., Welle, M. M., Roosje, P., Mellersh, C., Casal, M. L. & Leeb, T., maaliskuuta 2018, julkaisussa : PLoS Genetics. 14, 3, 14 Sivumäärä, 1007264.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  8. Generalized myoclonic epilepsy with photosensitivity in juvenile dogs caused by a defective DIRAS family GTPase 1

    Wielaender, F., Sarviaho, R., James, F., Hytönen, M., Cortez, M., Kluger, G., Koskinen, L., Arumilli, M., Kornberg, M., Bathen-Noethen, A., Tipold, A., Rentmeister, K., Bhatti, S., Huelsmeyer, V., Boettcher, I. C., Taestensen, C., Flegel, T., Dietschi, E., Leeb, T., Matiasek, K. & 2 muutaFischer, A. & Lohi, H., 7 maaliskuuta 2017, julkaisussa : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 114, 10, s. 2669-2674 6 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  9. ANLN truncation causes a familial fatal acute respiratory distress syndrome in Dalmatian dogs

    Holopainen, S., Hytonen, M. K., Syrja, P., Arumilli, M., Jarvinen, A-K., Rajamaki, M. & Lohi, H., helmikuuta 2017, julkaisussa : PLoS Genetics. 13, 2, 12 Sivumäärä, 1006625.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  10. FEELnc: a tool for long non-coding RNA annotation and its application to the dog transcriptome

    Wucher, V., Legeai, F., Hedan, B., Rizk, G., Lagoutte, L., Leeb, T., Jagannathan, V., Cadieu, E., David, A., Lohi, H., Cirera, S., Fredholm, M., Botherel, N., Leegwater, P. A. J., Le Beguec, C., Fieten, H., Johnson, J., Alfoldi, J., Andre, C., Lindblad-Toh, K. & 2 muutaHitte, C. & Derrien, T., 5 toukokuuta 2017, julkaisussa : Nucleic Acids Research. 45, 8, 12 Sivumäärä, e57.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  11. Early weaning increases aggression and stereotypic behaviour in cats

    Ahola, M. K., Vapalahti, K. & Lohi, H., 4 syyskuuta 2017, julkaisussa : Scientific Reports. 7, 9 Sivumäärä, 10412.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  12. Canine models of human rare disorders

    Hytönen, M. K. & Lohi, H., 28 syyskuuta 2016, julkaisussa : Rare Diseases. 4, 1, 6 Sivumäärä, 1241362.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuKatsausartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  13. Molecular Characterization of Three Canine Models of Human Rare Bone Diseases: Caffey, van den Ende-Gupta, and Raine Syndromes

    Hytönen, M. K., Arumilli, M., Lappalainen, A. K., Owczarek-Lipska, M., Jagannathan, V., Hundi, S., Salmela, E., Venta, P., Sarkiala, E., Jokinen, T., Gorgas, D., Kere, J., Nieminen, P., Drögemüller, C. & Lohi, H., 17 toukokuuta 2016, julkaisussa : PLoS Genetics. 12, 5, 20 Sivumäärä, e1006037.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  14. A Missense Change in the ATG4D Gene Links Aberrant Autophagy to a Neurodegenerative Vacuolar Storage Disease

    Kyostila, K., Syrja, P., Jagannathan, V., Chandrasekar, G., Jokinen, T. S., Seppala, E. H., Becker, D., Drogemuller, M., Dietschi, E., Drogemuller, C., Lang, J., Steffen, F., Rohdin, C., Jaderlund, K. H., Lappalainen, A. K., Hahn, K., Wohlsein, P., Baumgartner, W., Henke, D., Oevermann, A. & 3 muutaKere, J., Lohi, H. & Leeb, T., huhtikuuta 2015, julkaisussa : PLoS Genetics. 11, 4, 22 Sivumäärä, 1005169.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  15. Identification of a common risk haplotype for canine idiopathic epilepsy in the ADAM23 gene

    Koskinen, L. L. E., Seppälä, E. H., Belanger, J. M., Arumilli, M., Hakosalo, O., Jokinen, P., Nevalainen, E. M., Viitmaa, R., Jokinen, T. S., Oberbauer, A. M. & Lohi, H., 2015, julkaisussa : BMC Genomics. 16, 10 Sivumäärä, 465.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  16. Multiple Changes of Gene Expression and Function Reveal Genomic and Phenotypic Complexity in SLE-like Disease

    Wilbe, M., Kozyrev, S. V., Farias, F. H. G., Bremer, H. D., Hedlund, A., Pielberg, G. R., Seppala, E. H., Gustafson, U., Lohi, H., Carlborg, O., Andersson, G., Hansson-Hamlin, H. & Lindblad-Toh, K., kesäkuuta 2015, julkaisussa : PLoS Genetics. 11, 6, 27 Sivumäärä, 1005248.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  17. Genetic Panel Screening of Nearly 100 Mutations Reveals New Insights into the Breed Distribution of Risk Variants for Canine Hereditary Disorders

    Donner, J., Kaukonen, M., Anderson, H., Moller, F., Kyostila, K., Sankari, S., Hytonen, M., Giger, U. & Lohi, H., 15 elokuuta 2016, julkaisussa : PLoS One. 11, 8, 18 Sivumäärä, 0161005.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  18. A SEL1L Mutation Links a Canine Progressive Early-Onset Cerebellar Ataxia to the Endoplasmic Reticulum-Associated Protein Degradation (ERAD) Machinery

    Kyöstilä, K., Cizinauskas, S., Seppälä, E., Suhonen, E., Jeserevics, J., Sukura, A., Syrjä, P. E. S. & Lohi, H., 2012, julkaisussa : PLoS Genetics. 8, s. e1002759 13 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  19. Novel origins of copy number variation in the dog genome.

    Berglund, J., Nevalainen, E., Molin, A. M., Perloski, M., LUPA consortium, Andre, C., Zody, M. C., Sharpe, T., Hitte, C., Lindblad-Toh, K., Lohi, H. T. & Webster, M., 2012, julkaisussa : Genome Biology. 13, 8, s. R73 41 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  20. Identification of Genomic Regions Associated with Phenotypic Variation between Dog Breeds using Selection Mapping

    Vaysse, A., Ratnakumar, A., Derrien, T., Axelsson, E., Pielberg, G. R., Sigurdsson, S., Fall, T., Seppala, E. H., Hansen, M. S. T., Lawley, C. T., Karlsson, E. K., Bannasch, D., Vila, C., Lohi, H., Galibert, F., Fredholm, M., Haggstrom, J., Hedhammar, A., Andre, C., Lindblad-Toh, K. & 3 muutaHitte, C., Webster, M. T. & LUPA Consortium, 2011, julkaisussa : PLoS Genetics. 7, 10, s. e1002316 21 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  21. Variation in Genes Related to Cochlear Biology Is Strongly Associated with Adult-Onset Deafness in Border Collies

    Yokoyama, J. S., Lam, E. T., Ruhe, A. L., Erdman, C. A., Robertson, K. R., Webb, A. A., Williams, D. C., Chang, M. L., Hytönen, M. K., Lohi, H., Hamilton, S. P. & Neff, M. W., 1 syyskuuta 2012, julkaisussa : PLoS Genetics. 8, 9, s. e1002898 9 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  22. LGI2 Truncation Causes a Remitting Focal Epilepsy in Dogs

    Seppälä, E. H., Jokinen, T. S., Fukata, M., Fukata, Y., Webster, M. T., Karlsson, E. K., Kilpinen, S. K., Steffen, F., Dietschi, E., Leeb, T., Eklund, R., Zhao, X., Rilstone, J. J., Lindblad-Toh, K., Minassian, B. A. & Lohi, H., 2011, julkaisussa : PLoS Genetics. 7, 7, s. e1002194 10 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  23. Genome-wide association mapping identifies multiple loci for a canine SLE-related disease complex

    Wilbe, M., Jokinen, P., Truve, K., Seppälä, E. H., Karlsson, E. K., Biagi, T., Hughes, A., Bannasch, D., Andersson, G., Hansson-Hamlin, H., Lohi, H. & Lindblad-Toh, K., 2010, julkaisussa : Nature Genetics. 42, 3, s. 250-254

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  24. A mutation in hairless dogs implicates FOXI3 in ectodermal development

    Drögemuller, C., Karlsson, E. K., Hytönen, M. K., Perloski, M., Dolf, G., Sainio, K., Lohi, H., Lindblad-Toh, K. & Leeb, T., 2008, julkaisussa : Science. 321, 5895, s. 1462 1 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  25. Expanded repeat in canine epilepsy

    Lohi, H., Young, E. J., Fitzmaurice, S. N., Rusbridge, C., Chan, E. M., Vervoort, M., Turnbull, J., Zhao, X. C., Ianzano, L., Paterson, A. D., Sutter, N. B., Ostrander, E. A., Andre, C., Shelton, G. D., Ackerley, C. A., Scherer, S. W. & Minassian, B. A., 2005, julkaisussa : Science. 307, s. 81-81 1 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Näytä kaikki (195) »

Viimeisimmät aktiviteetit

  1. Opponent of doctoral dissertation

    Hannes Lohi (Ohjaaja)
    24 elokuuta 2018

    Aktiviteetti: TutkimustyypitVastaväittäjä

  2. Terveydeksi: Koira tieteen palveluksessa

    Hannes Lohi (Puhuja)
    27 lokakuuta 2017

    Aktiviteetti: Puhe- tai esitystyypitKutsuesitelmä

  3. Chair: Session 3: Neurology

    Hannes Tapani Lohi (Puhuja)
    20 toukokuuta 201724 toukokuuta 2017

    Aktiviteetti: Puhe- tai esitystyypitKutsuesitelmä

Näytä kaikki (71) »

Valikoidut palkinnot

  1. Helsingin kaupungin tiedepalkinto 2013

    Hannes Lohi (Vastaanottaja), 6 kesäkuuta 2013

    Palkinto: Palkinnot ja kunnianosoitukset

Näytä kaikki (2) »

Viimeisimmät projektit

  1. paineliivin vaikutus ääniaran koiran käyttäytymiseen ja virtsan oksitosiinipitoisuuteen

    Pekkin, A., Hänninen, L., Koskela, A., Tiira, K., Pöytäkangas, M., Lohi, H. & Valros, A.

    Unknown funder


    Projekti: Tutkimusprojekti

Näytä kaikki (1) »

ID: 5572