Panu Juhani Somervuo

Henkilö

Tutkimuksen ja opetuksen kuvaus

My background is in signal processing, pattern recognition, and machine learning. Before starting to do bioinformatics, I was working with automatic speech recognition and neural networks at Neural Networks Research Centre, Helsinki University of Technology. Year 2005 I moved to Viikki campus of University of Helsinki. During 2005-2010 I did microarray data analysis including detection, gene expression, and array comparative genomic hybridization. Majority of that work was done with custom arrays where I did also the probe design. During that time I participated as a teacher in several microarray courses at UH and IT center CSC, and an Erasmus course in Italy. Year 2010 I joined Metapopulation Research Group to participate in a butterfly sequencing project. I have run NGS teaching courses both at the university and CSC in Finland, at University of Mauritius, Uppsala (Sweden), Cape Town (South Africa), and Bari (Italy). At the moment I am in Otso Ovaskainen's group working to build a taxonomic classifier for DNA data.

Being an engineer, I am interested in machine learning methods and Bayesian modeling. At the same time I am curious to understand biology better.

Sulje

Curriculum vitae

Viimeisimmät julkaisut

  1. Heat shock and prolonged heat stress attenuate neurotoxin and sporulation gene expression in group I Clostridium botulinum strain ATCC 3502

    Selby, K., Mascher, G., Somervuo, P., Lindström, M. & Korkeala, H. 2 toukokuuta 2017 julkaisussa : PLoS One. 12, 5, 22 Sivumäärä, 0176944

    Julkaisu: ArtikkelijulkaisuA1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

  2. Quantifying uncertainty of taxonomic placement in DNA barcoding and metabarcoding

    Somervuo, P., Yu, D. W., Xu, C. C. Y., Ji, Y., Hultman, J., Wirta, H. & Ovaskainen, O. huhtikuuta 2017 julkaisussa : Methods in Ecology and Evolution. 8, 4, s. 398-407 10 Sivumäärä

    Julkaisu: ArtikkelijulkaisuA1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

  3. Reintroduction of threatened fungal species via inoculation

    Abrego, N., Oivanen, P., Viner, I., Norden, J., Penttila, R., Dahlberg, A., Heilmann-Clausen, J., Somervuo, P., Ovaskainen, O. & Schigel, D. marraskuuta 2016 julkaisussa : Biological Conservation. 203, s. 120-124 5 Sivumäärä

    Julkaisu: ArtikkelijulkaisuA1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

Näytä kaikki (50) »

Viimeisimmät aktiviteetit

  1. Epigenetics, coding and non-coding RNAs - Challenging NGS data

    Somervuo, P. J. (Puhuja: esitelmän pitäjä)
    27 kesäkuuta 2014

    Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistuminen tai tapahtuman järjestäminenKonferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

  2. NGS Assembly Course

    Somervuo, P. J. (Puhuja: esitelmän pitäjä)
    5 syyskuuta 2012

    Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistuminen tai tapahtuman järjestäminenKonferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

  3. COST training school: Next Generation Sequencing Data Analysis

    Somervuo, P. J. (Puhuja: esitelmän pitäjä)
    29 toukokuuta 2012

    Aktiviteetti: Tapahtumaan osallistuminen tai tapahtuman järjestäminenKonferensseihin, kursseille ja seminaareihin osallistuminen ja näiden järjestäminen

Näytä kaikki (6) »

ID: 78962