Veli Mäkinen

RSS-syöte listasta

  1. Linear time minimum segmentation enables scalable founder reconstruction

    Norri, T., Cazaux, B., Kosolobov, D. & Mäkinen, V., 17 toukokuuta 2019, julkaisussa : Algorithms for Molecular Biology. 14, 15 Sivumäärä, 12.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  2. Sparse Dynamic Programming on DAGs with Small Width

    Mäkinen, V., Tomescu, A. I., Kuosmanen, A., Paavilainen, T., Gagie, T. & Chikhi, R., toukokuuta 2019, julkaisussa : ACM Transactions on Algorithms. 15, 2, 21 Sivumäärä, 29.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  3. Applying the Positional Burrows–Wheeler Transform to All-Pairs Hamming distance

    Mäkinen, V. & Norri, T., kesäkuuta 2019, julkaisussa : Information Processing Letters. 146, s. 17-19 3 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  4. Hardness of Covering Alignment: Phase Transition in Post-Sequence Genomics

    Rizzi, R., Cairo, M., Mäkinen, V., Tomescu, A. I. & Valenzuela, D., helmikuuta 2019, julkaisussa : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 16, 1, s. 23-30 8 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  5. Bidirectional Variable-Order de Bruijn Graphs

    Belazzougui, D., Gagie, T., Mäkinen, V., Previtali, M. & Puglisi, S. J., joulukuuta 2018, julkaisussa : International Journal of Foundations of Computer Science. 29, 8, s. 1279-1295 17 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  6. Minimum Segmentation for Pan-genomic Founder Reconstruction in Linear Time

    Norri, T., Cazaux, B., Kosolobov, D. & Mäkinen, V., 2018, 18th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2018). Parida, L. & Ukkonen, E. (toim.). Dagstuhl: Schloss Dagstuhl Leibniz Center for Informatics, s. 15:1-15:15 15 Sivumäärä (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs); painos 113).

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  7. Discovery of potential causative mutations in human coding and noncoding genome with the interactive software BasePlayer

    Katainen, R., Donner, I., Cajuso, T., Kaasinen, E., Palin, K., Mäkinen, V., Aaltonen, L. A. & Pitkänen, E., marraskuuta 2018, julkaisussa : Nature Protocols. 13, 11, s. 2580-2600 21 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  8. Editorial: Special Issue on "Combinatorial Algorithms" (IWOCA 2016)

    Makinen, V. & Puglisi, S. J., elokuuta 2018, julkaisussa : Theory of Computing Systems. 62, 6, s. 1349-1350 2 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuPääkirjoitusTieteellinen

  9. A safe and complete algorithm for metagenomic assembly

    Acosta, N. O., Mäkinen, V. & Tomescu, A. I., 7 helmikuuta 2018, julkaisussa : Algorithms for Molecular Biology. 13, 12 Sivumäärä, 3.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  10. Towards pan-genome read alignment to improve variation calling

    Valenzuela, D., Norri, T., Välimäki, N., Pitkänen, E. & Mäkinen, V., 9 toukokuuta 2018, julkaisussa : BMC Genomics. 19, 8 Sivumäärä, 87.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  11. Variant genotyping with gap filling

    Walve, R., Salmela, L. & Mäkinen, V., 8 syyskuuta 2017, julkaisussa : PLoS One. 12, 9, 12 Sivumäärä, e0184608.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  12. Using Minimum Path Cover to Boost Dynamic Programming on DAGs: Co-linear Chaining Extended

    Kuosmanen, A., Paavilainen, T., Gagie, T., Chikhi, R., Tomescu, A. & Mäkinen, V., huhtikuuta 2018, Research in Computational Molecular Biology : 22nd Annual International Conference, RECOMB 2018, Paris, France, April 21-24, 2018, Proceedings. Raphael, B. J. (toim.). Cham: Springer International Publishing AG, s. 105-121 17 Sivumäärä (Lecture Notes in Bioinformatics; painos 10812).

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  13. Interval scheduling maximizing minimum coverage

    Mäkinen, V., Staneva, V., Tomescu, A. I., Valenzuela, D. & Wilzbach, S., 10 heinäkuuta 2017, julkaisussa : Discrete Applied Mathematics. 225, s. 130-135 6 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  14. Evaluating approaches to find exon chains based on long reads

    Kuosmanen, A., Norri, T. & Mäkinen, V., toukokuuta 2018, julkaisussa : Briefings in Bioinformatics. 19, 3, s. 404-414 11 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  15. A framework for space-efficient read clustering in metagenomic samples

    Alanko, J., Cunial, F., Belazzougui, D. & Mäkinen, V., 14 maaliskuuta 2017, julkaisussa : BMC Bioinformatics. 18, Suppl 3, 12 Sivumäärä, 59.

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  16. Computational pan-genomics: status, promises and challenges

    The Computational Pan-Genomics Consortium, Mäkinen, V. A. T. & Valenzuela, S. D. A., tammikuuta 2018, julkaisussa : Briefings in Bioinformatics. 19, 1, s. 118-135 18 Sivumäärä

    Tutkimustuotos: ArtikkelijulkaisuArtikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  17. Combinatorial Algorithms: 27th International Workshop, IWOCA 2016, Helsinki, Finland, August 17-19, 2016, Proceedings

    Mäkinen, V. (toim.), Puglisi, S. J. (toim.) & Salmela, L. (toim.), 2016, Cham: Springer International Publishing . 434 Sivumäärä (Theoretical Computer Science and General Issues; painos 9843)

    Tutkimustuotos: Kirja/raporttiKokoomateos tai erikoisnumeroTieteellinenvertaisarvioitu

  18. Fully Dynamic de Bruijn Graphs

    Belazzougui, D., Gagie, T., Mäkinen, V. & Previtali, M., 2016, String Processing and Information Retrieval: 23rd International Symposium, SPIRE 2016, Beppu, Japan, October 18-20, 2016, Proceedings. Springer, s. 145-152 8 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; painos 9954).

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  19. Identification of Variant Compositions in Related Strains Without Reference

    Rautiainen, M., Salmela, L. & Mäkinen, V., 2016, Algorithms for Computational Biology: Third International Conference, AlCoB 2016, Trujillo, Spain, June 21-22, 2016, Proceedings. Botón-Fernández, M., Martín-Vide, C., Santander-Jiménez, S. & Vega-Rodríguez, M. A. (toim.). Springer International Publishing , s. 158-170 13 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; painos 9702).

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

  20. Bidirectional Variable-Order de Bruijn Graphs

    Belazzougui, D., Gagie, T., Mäkinen, V. A. T., Previtali, M. & Puglisi, S. J., 2016, Theoretical informatics: LATIN 2016: 12th Latin American Symposium, Ensenada, Mexico, April 11-15, 2016 : proceedings. Kranakis, E., Navarro, G. & Chávez, E. (toim.). Berlin: Springer, s. 164-178 9 Sivumäärä (Lecture Notes in Computer Science; painos 9644).

    Tutkimustuotos: Artikkeli kirjassa/raportissa/konferenssijulkaisussaKonferenssiartikkeliTieteellinenvertaisarvioitu

Edellinen 1 2 3 4 5 6 7 Seuraava